PRESTASI SEKOLAH 1 Adiwiyata Mandiri 2023 Penghargaan dari Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan RI dan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi RI 2 Perpustakaan Mumtaz Sertifikat Akreditasi Perpustakaan Mumtaz SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta dengan nilai predikat Akreditasi A. 3 Sekolah Hijau Sertifikat penganugerahan dalam rangka Lomba Sekolah Hijau. 4 Sekolah Model Serfikat dari Lembaga Penjamin Mutu Pendidikan menunjuk SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta sebagai Sekolah Model Implementasi SPMI (Sistem Penjamin Mutu Internal). 5 Lomba Sekolah Sehat Piagam Penghargaan SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta Juara 1 Jenjang SMP/MTs LSS (lomba Sekolah Sehat) Tingkat Kota Yogyakarta. 6 Lomba Perpustakaan Piagam Penghargaan dari Walikota Yogyakarta diberikan kepada SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta sebagai Terbaik Pertama Penilaian Penyelenggaraan Perpustakaan SMP/MTs se-Kota Yogyakarta. 7 Pembelajaran Jarak Jauh Piagam Penghargaan dari Dinas Pendidikan Pemerintah Kota Yogyakarta diberikan kepada SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta atas peran sertanya dalam Pembelajaran Jarak Jauh (PJJ) pada masa pandemi Covid-19 dengan menyediakan materi secara online sebagai bentuk pelaksanaan Program Gandeng Gendong Pemerintah Kota Yogyakarta. 8 Lomba Sekolah Sehat Piagam Penghargaan dari Dinas Pendidikan, Pemuda, dan Olahraga Pemerintah Daerah DIY diberikan kepada SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta atas prestasinya Juara 1 Lomba Sekolah Sehat (LSS) tingkat DIY. 9 Pengelolaan Keuangan Sertifikat dari Lembaga Pembina & Pengawas Keuangan PDM Kota Yogyakarta diberikan kepada SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta atas Terbaik 1 Pengelolaan Keuangan Tingkat SMP Muhammadiyah Kota Yogyakarta. 10 Pengelolaan Data Aset Sertifikat Wakaf Profesi diberikan kepada SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta sebagai Juara 1 Pengelolaan Data Aset Sistem Informasi Manajemen Aset Muhammadiyah. 11 Sertifikat Akreditasi Sertifikat dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah menyatakan bahwa SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta Terakreditasi A (Unggul) dengan nilai 99.
