Tahfidzul-Qur’an
Santri MBS Siti Chodijah menjadi hafiz/hafizah dengan menghafalkan Al-Qur’an dimulai dari Juz 30.
Language (Arabic – English)
Santri MBS Siti Chodijah mumpuni dalam kebahasaan yaitu Bahasa Arab dan Bahasa Inggris sebagai bekal ilmu untuk masa depan.
Teknologi Informatika
Santri MBS Siti Chodijah tingkat Tsanawiyah unggul dalam bidang teknologi informatika sebagaimana keunggulan SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta sebagai Sekolah berbasis IT.